La razón principal es librarse del infierno de las dependencias. Con un sencillo apt-get install paquete nos olvidamos de cualquier software adicional que requiera nuestro programa, APT se encargará de buscarlo e instalarlo.
Del mismo modo, para mantener nuestros sistemas actualizado, todo es más sencillo. Si aparece un problema de seguridad en Apache bastará con un sencillo apt-get install httpd para resolver el problema.
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